La microbiota de los sistemas acuícolas de recirculación (RAS) es de gran importancia para la salud óptima de los peces. Sin embargo, las comunidades microbianas en RAS comerciales son muy complejas y se necesita más conocimiento para controlar y mantener potencialmente comunidades microbianas beneficiosas para una buena producción de peces.

 En este estudio se monitorearon las comunidades microbianas en un RAS comercial que produce alevines de salmón del Atlántico ( Salmo salar) durante siete periodos de producción consecutivos. 

El agua de los tanques de crianza y el sumidero de agua aguas abajo del biofiltro/aguas arriba de la UV, así como el biofilm de la pared de los tanques de crianza y el biofiltro de lecho fijo se analizaron utilizando la secuenciación de amplicón del gen 16S rRNA para dilucidar la relación dinámica microbiana espacio-temporal.

Los resultados mostraron que la composición de la microbiota del agua y el biofilm variaba dentro y entre los lotes de producción, y que los períodos de descanso tenían un efecto sustancial en las comunidades microbianas. 

La correlación de la microbiota del agua y el biofilm con la presencia de peces en el sistema se confirmó mediante el aprendizaje automático supervisado. 

Se identificaron cambios en la composición de la microbiota junto con variaciones en la carga de materia orgánica tanto durante la producción como durante el descanso.

Además, variables como la saturación de oxígeno, la biomasa y el tipo de alimento mostraron una buena correlación con las variaciones en la composición de la microbiota del agua. 

Aunque la microbiota cambió durante el barbecho, la microbiota volvió a composiciones similares durante las fases de producción y fue especialmente evidente para la microbiota del agua. Esto indica que el desarrollo de la composición de la microbiota está fuertemente dictado por la presión de selección similar en el sistema. 

Las comunidades nitrificantes estaban dominadas por Nitrospira , y la tercera OTU de Nitrospira más abundante estaba relacionada con el comammox Nitrospira nitrificans. Las comunidades microbianas en la biopelícula del biofiltro y el agua fueron significativamente diferentes pero compartieron taxones abundantes y siguieron la misma dinámica microbiana temporal e indican una interacción entre la biopelícula del biofiltro y las bacterias suspendidas. 

El análisis de UFC mostró que la fracción de bacterias de rápido crecimiento fue significativamente mayor en el agua de cría que en el sumidero de agua aguas arriba de la desinfección UV, lo que indica que la desinfección aguas arriba de los tanques de cría permitió el crecimiento de bacterias oportunistas.