Especialmente en sistemas cerrados, como RAS, las bacterias son cruciales para la calidad del agua. Además de sus funciones vitales del ecosistema, como la nitrificación, desnitrificación y degradación de material orgánico, los microbios también pueden tener un efecto directo sobre la salud de los peces.
Si bien, algunas bacterias pueden tener un impacto positivo en la salud de los peces (por ejemplo, bacterias probióticas), los microbios patógenos y oportunistas representan una amenaza permanente. En sistemas RAS, con alto nivel de recirculación, también los microbios no patógenos, como las bacterias reductoras de sulfato (SRB), específicamente Desulfovibrio desulfuricans, pueden afectar negativamente la salud de los peces al convertir el sulfato (SO4 2− ) en sulfuro de hidrógeno (H2S) bajo condiciones anaeróbicas.
La mortalidad masiva repentina se ha convertido en uno de los principales riesgos en los sistemas RAS de salmón y, en los últimos años, se ha informado un número creciente de incidentes de este tipo y la mayoría de los casos se han asociado con H2S en Noruega.
Hasta la fecha, los diagnósticos microbiológicos en la industria de la acuicultura todavía se limitan a la detección de ciertos patógenos de peces, o al número total de bacterias, utilizando métodos como la PCR (semi) cuantitativa en tiempo real (rt-qPCR), el recuento de células, el cultivo en agar, etc.
En los últimos años, una tecnología de PCR de tercera generación, denominada PCR digital (dPCR), ha surgido rápidamente como una alternativa a rt-qPCR y a otros métodos de cuantificación. En este escenario, investigadores de SINTEF Ocean, Noruega, y de la empresa Stilla Technologies, Francia, publicaron un reciente estudio titulado “Absolute quantification of priority bacteria in aquaculture using digital PCR” donde demostraron el uso de PCR digital como una herramienta poderosa para la cuantificación absoluta de bacterias reductoras de sulfato (SRB) y de otros patógenos que afectan a los salmónidos (Moritella viscosa, Yersinia ruckeri y Flavobacterium psychrophilum). Además, realizaron un ensayo para la cuantificación de Listeria monocytogenes, que es una bacteria patógena humana y un objetivo relevante asociado con salmónidos.
El estudio demostró que el sistema Naica ™ es capaz de cuantificar de forma absoluta y simultánea de uno a tres genes diana en un fondo de ADN complejo, representativo del material de muestra ambiental.
“Hemos demostrado que el dPCR es una tecnología adecuada para la cuantificación directa de bacterias relevantes en salmónidos, y que los resultados con Crystal Digital PCR ™ tiene un rango dinámico lineal de al menos cinco órdenes de magnitud, exhibe una alta sensibilidad y reproducibilidad. Además, el sistema ofrece un flujo de trabajo optimizado con poco tiempo de intervención y minimiza los riesgos de contaminación cruzada”, detallaron en el artículo.
Cabe señalar que el precio por muestra con el sistema dPCR es más alto que con el rt-qPCR convencional, debido a los costos de inversión y consumibles a menudo más altos (por ejemplo, chips o matrices).
Aquí puede acceder al estudio.
